錆止め塗装仕様で、ＪＩＳ Ｋ ５６２５（以下５６２５）やＪＩＳ Ｋ ５６７４（以下５６７４）などのとき、胴縁や母屋材として使用する軽量形鋼や角パイプ等でクロの素材の上に錆止めを施工しようとすると、リップの中が塗りづらかったり、脱脂作業をしなくてはならないなどの手間がかかります。このため、錆止め塗装済のカラー材を使用したいのですが、市中にあるカラー材はＪＩＳ Ｋ ５６２１（以下５６２１）です。

「２回塗り」となっているので、カラー材を使用しても、もう一回５６２１を塗らないとだめでしょうか？

カラー材の塗膜厚は１０～１５μｍと薄いことから、設計図書で錆止め２回塗りと明確に指示されている場合は、２回塗っても塗膜厚が不足することとなります。
設計仕様の確認を設計者、工事監理者にしてください。