電炉製品のＳＮ４９０Ｃ材（鋼板）を通しダイアフラムに使用してもよろしいでしょうか。メーカーでＪＩＳ規格として販売している場合、問題ないと思いますがいかがでしょうか。

ご質問の通り問題はないと考えます。
ただ、電炉製品であるからといってもＳＮ４９０Ｃ材は、高炉製品と比較し価格メリットが大きいとは言えないと思います。どちらかというと調達しやすいのはどちらかといったところでしょうか。
設計図書において、高炉材が指定されている場合がありますが、そのようなときに電炉材に変更提案をするときは、必ず、設計者、工事監理者、あるいは発注者にその理由を明確に示し、了承を取ってください。